ЧЕРНЕЕТ ha due significati, uno dei quali uguale a ЧЕРНЕЕТСЯ

il cielo ovviamente solo "diventa nero", la città piò trovarsi lontano e della quale vedi l'ombra nera oppure innerirsi a causa per esempio del fumo, ma è chiaro che il secondo significato si usa meno spesso con la parola città

Giustissimo, vogliono dire
чернеть: 1) diventare nero, annerirsi (опавшие листья быстро чернеют - le foglie cadute si anneriscono presto); 2) nereggiare, spiccare (detto di qualcosa di nero), apparire come qualcosa di nero (на горизонте чернеет силуэт старого завода - all'orizzonte si staglia la sagoma nera di una vecchia fabbrica).
чернеться: nereggiare, apparire come qualcosa di nero. Per la verità, in un dizionario (uno solo) ho trovato anche per чернеться il significato di annerirsi, ma è raro ed arcaico, ormai in disuso: nella lingua parlata non l'ho mai sentito.

Detto ciò, direi che comunque чернеть è più usato. Forse la sottile differenza è questa (almeno per come la sento io): чернеть è universale, чернеться non mi sembra adatto per le cose imponenti. Non lo userei per una fabbrica, mentre si potrebbe dire sia в окне чернела чья-то голова che в окне чернелась чья-то голова. In più, чернеться dà l'idea di qualcosa di vago, indefinito, è più una macchia. Infatti, non lo tradurrei come "spiccare per il suo colore nero".
Esistono altri verbi analoghi: краснеть - краснеться, белеть - белеться, ecc. "Белеет парус одинокий" Валентина Катаева è un bellissimo libro per ragazzi e non solo. A questo proposito mi viene in mente anche una battuta tratta da "Золотой ключик, или Приключения Буратино" А. Толстого, dove due personaggi cattivi, un po' brilli, scorgendo Pinocchio in fondo ad una giara e non riuscendo a capire cos'è, discutono:
- Там что-то чёрненькое белеется.
- Нет, там что-то беленькое чернеется..  

grazie mille Assiolo, mi sei stata di grande aiuto!!